Sheet1 Table S1. Genes encoding subunits of PS I, PS II, and Phycobilisomes in strain JSC-1 (and related genes). The ratio of transcript abundances in FRL versus WL is shown, and proteins identified by proteomics analyses are also indicated. The pink, green, and blue shading indicate genes associated with the 21-gene cluster that is specifically expressed in FRL. Gene Locus Tag FR/WL "Unused" "Unused" "Unused" "Unused" "Unused" "Unused" "Unused" "Unused" 645 nm #2 WL #2 645 nm #1 WL-#1 710 nm #1 FR #1 645 nm PBS 710 nm PBS psaA1 CYJSC1_DRAFT_48140 0.47 22 23 15 7 5 N. D. psaA2 CYJSC1_DRAFT_64160 83.2 N. D. N. D. 2.1 N. D. 21 19 psaB1 CYJSC1_DRAFT_48150 0.459 43 40 19 18 18 N. D. psaB2 CYJSC1_DRAFT_64170 75.6 N. D. 2.2 N. D. N. D. 6.2 18 psaB3 CYJSC1_DRAFT_61120 15.6 psaC CYJSC1_DRAFT_51480 1.42 3.2 2 1.3 2.2 1.5 3.8 psaD CYJSC1_DRAFT_41300 0.917 16 16 9 9 11 8 psaE1 CYJSC1_DRAFT_34780 0.467 11 10 11 5.4 6 N. D. psaE2 CYJSC1_DRAFT_22430 9.14 3.1 11 2 2.1 6.7 6.1 psaF1 CYJSC1_DRAFT_18550 0.396 23 19 10 7.1 6.6 N. D. psaF2 CYJSC1_DRAFT_64200 50.9 N. D. 4 N. D. N. D. 8.1 8 psaI1 CYJSC1_DRAFT_17400 0.48 psaI2 CYJSC1_DRAFT_64190 13.2 N. D. N. D. N. D. N. D. N. D. N. D. psaJ1 CYJSC1_DRAFT_18540 0.431 psaJ2 CYJSC1_DRAFT_64210 19.5 N. D. N. D. N. D. N. D. N. D. N. D. psaK1 CYJSC1_DRAFT_34310 0.683 psaK2 CYJSC1_DRAFT_20640 1.02 psaL1 CYJSC1_DRAFT_17390 0.622 28 24 12 14 2.1 N. D. psaL2 CYJSC1_DRAFT_64180 278 N. D. N. D. N. D. N. D. 4.6 2.3 psaL3 CYJSC1_DRAFT_39980 2.92 psaX CYJSC1_DRAFT_01980 0.397 2.4 N. D. N. D. 1.3 4 2 isiA1 CYJSC1_DRAFT_01760 0.152 isiA2 CYJSC1_DRAFT_06480 0.386 isiA3 CYJSC1_DRAFT_06470 0.131 isiA4 CYJSC1_DRAFT_06440 0.167 isiA-psaL CYJSC1_DRAFT_06460 0.212 psbA1 CYJSC1_DRAFT_19820 7.55 psbA2 CYJSC1_DRAFT_51940, CYJSC1_DRAFT_56150 0.570, 0.484 2.3, 2 1.5, 3.5 N. D. psbA3 CYJSC1_DRAFT_64000 18.1 N. D. N. D. N. D. N. D. 3 6.3 psbA4 CYJSC1_DRAFT_64140 113 N. D. N. D. N. D. N. D. 3 2.1 psbA5 CYJSC1_DRAFT_56070 0.288 psbB1 CYJSC1_DRAFT_41880 0.518 10 5 53 41 29 16 psbB2 CYJSC1_DRAFT_64090 9.11 N. D. 5.2 3 1.5 24 36 psbC1 CYJSC1_DRAFT_22010 0.555 N. D. 4 32 42 12 10 psbC2 CYJSC1_DRAFT_64080 6.01 N. D. N. D. N. D. N. D. 26 28 psbD1 CYJSC1_DRAFT_22020, CYJSC1_DRAFT_27600 0.499, 0.471 6.4, 2.6 6.9, 5.5 N. D. psbD2 CYJSC1_DRAFT_30620, CYJSC1_DRAFT_55960 0.707, 1.076 6.4, 2.6 6.9, 5.5 N. D. psbD3 CYJSC1_DRAFT_64070 4.93 N. D. N. D. 2.7 2.6 13 14 psbE CYJSC1_DRAFT_30010 0.278 2.3 2.7 2.3 psbF CYJSC1_DRAF_scaffold00069 0.268 psbG No homolog N. D. psbH1 CYJSC1_DRAFT_55110 1.093 2.1 2 4 psbH2 CYJSC1_DRAFT_64100 3.29 N. D. N. D. N. D. N. D. 2 2 psbI CYJSC1_DRAFT_44540 0.522 psbJ CYJSC1_DRAF_scaffold00069 0.428 psbK CYJSC1_DRAFT_06650 0.731 psbL CYJSC1_DRAF_scaffold00069 0.322 psbM CYJSC1_DRAFT_13440 1.195 psbN CYJSC1_DRAFT_26750 2.82 psbO CYJSC1_DRAFT_23720 0.394 2 11 psbP CYJSC1_DRAFT_28630 0.695 psbQ CYJSC1_DRAFT_39310 0.371 psbR only in higher plants and algae N. D. psbS only in higher plants and algae N. D. psbT CYJSC1_DRAFT_41890 0.664 psbU CYJSC1_DRAFT_43000 0.626 psbV1 CYJSC1_DRAFT_22740 0.29 psbV2 CYJSC1_DRAFT_22650 0.334 psbW1, psb28-1 CYJSC1_DRAFT_07900 0.42 4.9 5.1 4.3 psbW2, psb28-2 CYJSC1_DRAFT_18260 0.483 psbX CYJSC1_DRAF_scaffold00069 0.628 psbY CYJSC1_DRAFT_32470 3.01 psbZ CYJSC1_DRAFT_29110 0.595 psb27 CYJSC1_DRAFT_14810 0.546 2.6 7 7.6 3.6 5.9 psp29 CYJSC1_DRAFT_16220 0.505 3 4 apcA1 CYJSC1_DRAFT_18510 0.117 4 2 4.1 6.2 2.1 1.2 23 29 apcA2 CYJSC1_DRAFT_64010 8.21 N. D. N. D. N. D. N. D. 10 9.7 N. D. 23 apcA-like CYJSC1_DRAFT_62720 0.767 apcA-like CYJSC1_DRAFT_59760 3.54 N. D. 2 apcA-like CYJSC1_DRAFT_66140 0.358 N. D. 7.8 apcB1 CYJSC1_DRAFT_18500 0.102 8.2 N. D. 11 12 5.6 12 34 54 apcB2 CYJSC1_DRAFT_64020 25.5 N. D. N. D. N. D. N. D. 10 8 N. D. 31 apcC CYJSC1_DRAFT_18490 0.096 2 2 2 4.3 apcD1 CYJSC1_DRAFT_18300 0.51 N. D. 6 apcD2 CYJSC1_DRAFT_64030 22.3 N. D. 2 N. D. N. D. 6.5 5.1 N. D. 8 apcD3 CYJSC1_DRAFT_64060 7.58 N. D. N. D. N. D. N. D. N. D. 2.1 N. D. 6 apcE1 CYJSC1_DRAFT_38690 0.409 7.6 N. D. 13 7.7 2.1 N. D. 91 120 apcE2 CYJSC1_DRAFT_64050 15.3 N. D. N. D. N. D. N. D. 3.8 3.2 N. D. 63 apcF CYJSC1_DRAFT_35060 0.57 2.5 6.3 7.6 19 cpcA1 CYJSC1_DRAFT_59240 0.065 5.5 48 cpcA2 CYJSC1_DRAFT_02470 2.25 32 20 cpcB1 CYJSC1_DRAFT_59260 0.048 22 47 cpcB2 CYJSC1_DRAFT_02480 2.44 36 17 cpcH/cpcI CYJSC1_DRAFT_02450 2.53 43 43 cpcH/cpcI CYJSC1_DRAFT_02460 2.48 4.1 4 40 18 cpcD CYJSC1_DRAFT_02440 2.3 9.6 6 cpcE CYJSC1_DRAFT_59140 0.068 cpcF CYJSC1_DRAFT_59110 0.615 cpcG1 CYJSC1_DRAFT_67880 0.362 cpcG2 CYJSC1_DRAFT_06450 0.051 cpcG3 CYJSC1_DRAFT_58960 0.189 cpcS CYJSC1_DRAFT_67800 0.813 cpcT CYJSC1_DRAFT_15210 0.704 cpcU? No homolog? N. D. cpcV CYJSC1_DRAFT_63900 1.36 cpeA CYJSC1_DRAFT_66870 0.093 14 43 cpeB CYJSC1_DRAFT_66860 0.141 1.4 8.5 40 cpeC CYJSC1_DRAFT_61180 0.252 6.7 46 cpeD CYJSC1_DRAFT_60850 0.024 N. D. 20 cpeR CyJSC1_DRAFT_60390 0.021 cpeS1 CYJSC1_DRAFT_60290 0.261 cpeS2 CYJSC1_DRAFT_67140 0.993 cpeS-like CYJSC1_DRAFT_28530 0.837 cpeS-like CYJSC1_DRAFT_61920 0.453 cpeS-like CYJSC1_DRAFT_00800 0.93 cpeT CYJSC1_DRAFT_67160 0.694 cpeY CYJSC1_DRAFT_66920 0.166 cpeZ CYJSC1_DRAFT_67020 0.2 mpeU? CYJSC1_DRAFT_60200 0.795 pcyA CYJSC1_DRAFT_30310 6.44 pebA CYJSC1_DRAFT_59720 0.29 pebB CYJSC1_DRAFT_59590 0.135 nblA CYJSC1_DRAFT_04660 4.94 nblA CYJSC1_DRAFT_60860 3.58 nblA CYJSC1_DRAFT_59660 0 nblA CYJSC1_DRAFT_66220 0.313 petH CYJSC1_DRAFT_43460 0.267 6 4.4 26 38 rfpB CYJSC1_DRAFT_64110 3.22 rfpA CYJSC1_DRAFT_64120 2.11 rfpC CYJSC1_DRAFT_64130 1.24 ORF/cons. Hypothetical CYJSC1_DRAFT_64040 12.5